进入21世纪后，我国高等教育开始大规模扩招，为了缓解高等教育资源紧张的局面，一批由公办高校和社会力量共同创办的二级学院产生，后来都命名为“独立学院”。这种在高等教育扩招背景下产生的新型办学模式，为培养急需应用型人才，促进高等教育的发展作出了重要贡献。但是，独立学院在发展过程中存在产权不清晰、办学质量不高等问题，教育部要求其尽快完成转设。
对于独立学院的转设问题，在校生会担心培养方案、学费、毕业证书等发生变化。按照以往独立学院转设的经验来看，无论是转设为民办高校还是公办高校，在校生的培养方案、学费、毕业证书等都会按照当年的招生简章进行。也就是说，几乎所有转设的独立学院都会采用“老生老办法，新生新办法”的原则。但是，新疆财经大学商务学院转设为公办院校后，所有学生的学费都降低了。
新疆科技学院的前身是创建于年的新疆财经大学商务学院，是一所应用型本科层次的省属公办高校。年末，教育部同意学校转设为公办本科院校，改名为新疆科技学院，同时撤销了新疆财经大学商务学院的建制。目前，学院设有16个本科专业，涵盖管理学、文学、工学等5个学科门类，拥有全日制在校生余人。
学院转设为公办院校后，不需要再向母体高校支付高额的管理费，而且这些办学经费都来自于学费，同时新疆科技学院拥有了财政拨款，学费降低也是情理之中的事情。在没有转设之前，学院大部分的专业学费标准为每生每学年元，转设之后，学费变为元-元之间，学费比原来少了3倍左右。最重要的是，年学院的生源质量也提高了不少。
目前，可能还有不少独立学院正在转设之中，但是不一定会采用新疆科技学院的这种方式。通常情况下，独立学院转设都会有一个过渡期，对转设之前的老生没有任何影响，新生会实行转设之后的政策。像新疆科技学院这样的高校还是比较少的，毕竟新疆是国家重点扶持的地区，可能会有相应的政策支持。